西暦2977年、仲間たちとともに宇宙海賊船アルカディア号で旅を続けているハーロックと、死んでしまった彼の親友トチローの娘、まゆとの交流、そしてハーロックに憧れアルカディア号に乗り込む若者・台羽正の成長を軸に、全宇宙を危機に陥れようとする謎の敵・マゾーンとの戦いを描く壮大なスペースロマン。

海野広は地球を脱出し、惑星ダイバランへ渡るため交易船の貨物室で息を殺していた。突如、アルフレス軍のエルドメイン大佐率いる艦隊に攻撃を受け、船は大破。そのとき、どこからともなくレーザーが発射され、次々と艦隊は爆破されてゆく。命からがら逃げて行く大佐を見送るように、ドクロの旗がはためいていた・・

宇宙海賊として名を馳せることになる若きハーロックが、宇宙船・アルカディア号と共に果てしなき大宇宙へと航海の旅路を行く姿が壮大なスケールで描かれる。

。“SPACE DIFFENSE FORCE”通称SDFのシリウス小隊に入隊した若者・有紀学は、突然現れた謎の宇宙戦艦との戦いに否応なく巻き込まれていく・・

一文字断鉄、一文字タクマ親子の熱い愛のドラマを軸に、敵の将校、トニー・ハーケンとの敵味方を越えた友情や若者たちの成長を綿密に描いている。

３０世紀末、地球人の総機械化による完全占領をもくろむ太陽系外銀河総督は、地球連邦にハーロック討伐を迫り、白羽の矢が立ったのが地球軍独立艦隊司令官ウォーリアス・ゼロであった。

祖父と兄の意思を継いで“海洋帝国”の謎に迫る進は、潜水艦“SUBMARINE SUPER 99”と共に戦いに巻き込まれていく。

第１０惑星プロメテの発見以来、「希望の星」を目指すプロメテ宇宙計画を成功させるため、一文字タクマは「ダンガードA」のパイロットとなることを決意する。

大ヒット作品『銀河鉄道９９９』に続く松本零士作品の続編。純粋な心の持ち主､雨森始のやさしさに触れ自分の守るべき物を見つけた雪野弥生は､一つの大きな決意を胸に秘める｡それは地球と遊星ラーメタルとの､1000年に渡る永き時間を無に返す事だった・・